Jacob Pieter Lonkhuyzen werd op 6 april 1876 geboren in Heteren. Na het behalen van het einddiploma aan de HBS liet van Lonkhuyzen zich aan de Landbouw Hogeschool te Wageningen inschrijven met de bedoeling een studie te maken van de ‘boscultures’ in Nederlands Indië. Van Lonkhuyzen vervolgde deze studie aan de Bosbouw Hogeschool te Tharandt (Saksen, Duitsland), terwijl hij tevens werkzaam was op de Administratie van Bosbouw op het Departement van Financiën in Dresden. Daarnaast volgde hij in Leiden en Wageningen nog enkele botanische studies. In 1899 behaalde hij het diploma Houtteelt Middelbaar Onderwijs.

In september 1899 trad hij in tijdelijke dienst van de Nederlandsche Heidemaatschappij. Van Lonkhuyzens eerste werk in dienst van de Nederlandse Heidemaatschappij was het uitvoeren van een bebossingplan in de Peel, waar enkele Amsterdamse heren woeste grond hadden gekocht. In 1900 volgde zijn aanstelling tot adjunct-houtvester. In 1902 werd hij benoemd tot houtvester, op 1 juli 1905 tot adjunct-directeur en op 1 januari 1910 tot directeur. Deze functie vervulde hij tot 6 april 1936. Op die datum werd Van Lonkhuyzen 60 jaar en trad hij af als directeur. Toen zijn opvolger Van Maanen in maart 1937 plotseling overleed, werd hij door het bestuur van de Heidemaatschappij geroepen de leiding weer op zich te nemen, totdat een nieuwe directeur was gevonden. Deze tijdelijke waarneming duurde tot 13 april 1940.

Van Lonkhuyzen volgde de ontwikkeling van de bosbouwwetenschap op de voet en trachtte de nieuwere inzichten in de praktijk toe te passen. Om de kennis over bos en bomen onder boseigenaren en bosarbeiders te vergroten, werden onder zijn leiding verspreid over het land diverse bosbouwcursussen gegeven. Daarnaast organiseerde hij buitenlandse bosbouwexcursies en excursies verbonden aan de algemene vergaderingen van de Nederlandsche Heidemaatschappij. Bij de Cursus der Nederlandsche Heidemaatschappij, waar de toenmalige ambtenaren der Nederlandsche Heidemaatschappij en de bosbouwkundige ambtenaren van het Staatsbosbeheer hun opleiding kregen, heeft hij tot 1931 de lessen in algemene houtteelt verzorgd. Dit was voor van Lonkhuyzen ook de aanleiding om zijn beroemde boek “De Houtteelt” te schrijven, dat in 1924 voor het eerst verscheen.

Naast zijn werkzaamheden bij de Heidemaatschappij, bekleedde Van Lonkhuyzen een groot aantal openbare functies. Zo was hij bijvoorbeeld lid van de Boschraad en bestuurslid van Het Geldersch Landschap. Jacob Pieter van Lonkhuyzen overleed op 3 maart 1951 te Arnhem.